1) Zum Thema NL-IBANs behalten, das scheint möglich zu sein:
2) Was die Umstellung auf DE-IBANs für bereits bestehende Nutzer angeht:
Wie dem Tweet und dem Together-Post zu entnehmen ist, muss man sich für die Umstellung auf DE-IBANs gesondert per IDnow verifizieren (bisher wurde nur "Onfido" genutzt glaube ich). Ich würde vermuten, das ist den unterschiedlichen rechtlichen Anforderungen hierzulande geschuldet. Das könnte in der Tat erklären, wieso man den Nutzern erst nach und nach den Umzug ermöglichen kann.
3) Über den rechtlichen Status der Konten mit DE-IBANs konnte ich bisher nur den oben bereits zitierten Absatz aus den AGB finden. IANAL aber das hört sich für mich eher so an, als würden wir weiterhin rechtlich gesehen niederländische Konten haben und nicht Kunden bei der deutschen Niederlassung werden, auch wenn wir DE-IBANs nutzen. Wie sich das auf Thematiken wie den Kontenabruf auswirkt, weiß ich nicht. Es wäre spannend, hier mehr Details erfahren zu können.